臺灣光復尹始，醫療藥品之需求至為殷切，為因應社會需求，製藥工廠乃應運而生，初時，雖僅有藥廠約五家，但業者為共謀台灣製藥工業之發展，已萌組織製藥工業同業公會之念。及至1948年間，島內各型規模之藥廠已達二十四家，業者乃正式發起組織「台灣區製藥工業同業公會」，由陳作霖、林德翰、許燦煌、洪文舉、許恩賜、吳文統、蔡然捷、林隆興、李朝泉等前輩為籌備委員，負責籌劃成立事宜。同年7月4日召開成立大會，通過章程，選舉第一屆理監事，並推選吳三連先生為第一屆理事長。1948年（民國37年）9月21日「台灣區製藥工業同業公會」完成立案手續，奉內政部核頒「公字第243號立案證書」。2012年4月27日召開第27屆第1次會員代表大會決議通過更名為「臺灣」製藥工業同業公會，奉內政部核准於2012年5月21日正式啟用圖記。